應以空操許可為主依序編號。
若廠內的水污許可或廢清書有化學(農化)實驗作業程序等空操許可未列出之製程，則依序於空污製程之後依序編列。
例:廠內有空污製程M01~M04，則化學(農化)實驗作業程序在污染流向圖上之製程編號則以M05表示。